作为一所具有自主创新能力的高校，南京理工自动化学院多年来一直在自动化领域打造出了多个科研和技术应用的精品工程，取得了众多成果和荣誉。
南京理工自动化学院先后承担了多项国家级、省部级科研项目，也是江苏省社会经济发展“十五”规划远程智能控制工程的指定单位。在校内自主创新中，该院紧紧抓住中央提出“中国制造2025”战略的机遇，充分利用自身科研优势，积极创新，大力推进自主创新。“研究所 企业”模式的开展，不仅极大地刺激了学者们的研究热情，还打破了传统意义上学术研究与商业创新的界限，为今后更好地发挥自身的优势打下了坚实的基础。
南京理工自动化学院将不断拓展国内外合作领域，引进优秀的人才，更好地为国家服务，为中国产业转型升级做出积极的贡献。